Ciao, la stessa cosa era capitata anche a me e ti spiego come ho risolto; se tu hai già impostato di memorizzare la posta nella posta in arrivo di cartelle locali, puoi andare a cambiare le impostazioni della posta indesiderata per l’account quante volte vuoi ma non funzionerà, non verrà salvato il percorso. Allora tu devi tornare indietro e impostare la posta in modo che venga salvata nel singolo account, poi chiudere Thunderbird ed andare a modificare i percorsi, e poi riaprire Thunderbird ed andare a rimettere la posta in cartelle locali, e dopo rimarrà salvato anche il percorso di salvataggio per posta indesiderata.

Nello specifico:
1) Strumenti > impostazioni account > impostazioni server (per l’account interessato) > avanzate ed imposti “Posta in arrivo per l’account di questo server” > Ok
2) Chiudi Thunderbird e poi lo riapri
3) Strumenti > impostazioni account > Posta indesiderata (per l’account interessato) > spunta su “Sposta i nuovi messaggi di posta indesiderata in” e selezioni in altra Cartelle locali > Cestino > Ok
4) Chiudi Thunderbird e poi lo riapri
5) Strumenti > impostazioni account > impostazioni server (per l’account interessato) > avanzate ed imposti “Posta in arrivo globale (Cartelle Locali)” > Ok
6) Chiudi Thunderbird e poi lo riapri

Ed il gioco è fatto