Se non sbaglio, le due differnze sono dovute al fatto che il pistone a forza di fregare sul cilindro un poco lo consuma: idem se per qualche motivo lo si fa lucidare. E' per questo che di solito il primo pistone montato è l'A, poi quando si cambia il pistone si monta il B e così via. In questo caso parliamo di cilindro ma il discorso non cambia quindi parti con il primo, il cylinder A (magari manda una mail per precauzione a mrcycles perchè non vorrei sparare castronate... son passati diversi anni da quando acquistai il mio).
PS. non hai pensato di aumentare la cilindrata montando un big boore? Ogni volta che si cambia il cilindro si può sempre valutare un aumento di potenza, specialmente per le piccole cilindrate come le tue