Probabilmente è perchè usi una versione obsoleta del mame (visto che la stessa versione la fai girare anche sul 32bit) : vai sul sito mameui e scaricati l'ultima versione a 64bit, che in questo momento è la MameUI64.142.3.
Dopo estrai tutti i file e li copi nella vecchia cartella, unendo le cartelle e sovrascrivendo i files quando richiesti (mantenendo ovviamente i file appena scaricati) e in teoria dovrebbe comparirti quella voce che dicevi, che non servirà comunque entrarci perchè vedrai che una volta inserito il joystick te lo attiverà in automatico.