Scusa ma sei sicuro di fare le manovre corrette quando sincronizzi?
A me mi era capitata una cosa simile, ma sbiagliavo la procedura.
Quando vai su sito e poi sincronizza tutto il sito, trovi che per default è impostato su carica file più recenti su remoto.
Tu li devi cliccare su scarica e carica file più recenti, così lui riconosce se sul server ci sono dei file da scaricare: non so però come impostare di default questa impostazione.
Fammi sapere.
Ciao