Io mi sono abituato (con ottimi risultati) a mettere prima tutti i tag (in ordine alfabetico, poi lasciare un po di spazio o inserire un commento per poi mettere tutti gli id e i div sempre in ordine alfabetico (quelli che in pratica cominciano con#) ed infine tutte le classi, sempre in ordine alfabetico (quelli che cominciano con il punto).
Se a volte trovi delle combinazioni di codice giò pronto e mescolato, magari lo metti in fondo a seguito di un commento chiaritore.