Le informazioni che hai fornito sono poche: quello che accadrebbe nella situazione da te descritta sarebbe che uno dei due domini sarebbe inglobato nel filtro antispam di google (in quanto i due siti sono uguali) ma non sapremo mai quale.

Il fatto che uno abbia 100 BL e l'altro 10 non significa molto: dipende da diversi fattori quali ad esempio che tipo di BL sono (anchor text, immagini... etc.) e da che tipo di siti provengono (siti a tema, forum... etc.)